DeepSeek Harness 插件Manifest 有效

dsh-bio-gem

DeepSeek Harness 基因组尺度代谢模型（GEM）自动构建、验证与补洞工具插件。

终端与 TUI开发者工具

0GitHub Stars0Fork 数更新于2026-10-11

源码

安装

当前仓库证据中未发现明确安装命令。

插件能力与用途

基于公开仓库快照由 AI 辅助整理，内容必须有源码依据；它不等同于兼容性验证或安全验证。

源码有据

dsh-bio-gem 是面向 DeepSeek Harness 的基因组尺度代谢模型（GEM）构建与分析插件。输入细菌全基因组（支持蛋白 FASTA/FNA），自动执行模型构建、六道关卡验证、分级补洞、通量分析与模型卡报告生成，产出标准 SBML 模型，并可与 dsh-bio-genie 消费工具深度协同。

核心能力

基于 CarveMe 及可选 gapseq 引擎的全基因组代谢模型自动化构建
G1-G6 多维度模型质检（元素平衡、生长真实性、ATP 泄漏、表型匹配等）
L1/L2/L3 缺口分级诊断与自动化/规则级补洞（防过补机制）
通量区间扫描（FVA/pFBA）与通量空间采样（ACHR/OptGP）
全量单基因与双基因敲除必需性扫描、合成致死与通路富集分析
预测账本管理与标准化靶点清单导出
提供面向 dsh-bio-genie 的只读本地环回领域扩展集成接口

适用场景

在 DSH Agent 中端到端自动化构建细菌基因组代谢网络模型
对已有 SBML 模型进行死端反应、通量阻塞排查与生物量配方精修
进行全基因敲除模拟、碳源利用表型回填与代谢工程靶点筛选

适合谁

生物信息学研究人员与计算生物学者
微生物代谢工程与合成生物学开发者
使用 DSH 构建生物计算智能体的开发者

文档中可确认的限制

运行分析工具需要 Python 3.10+ 环境并安装 cobra（装有 dsh-bio-genie 时可自动复用）
gem_build 构建工具需要额外配置 CarveMe 及独立 diamond 二进制依赖
gapseq 引擎为可选实验能力，依赖特定配置的 WSL2 环境

DSH 兼容性

DSH Plugin 针对具体版本记录的运行验证证据。没有结果只代表我们尚未测试，不代表不兼容。

尚未测试目前还没有发布运行兼容性测试结果。

安全信号

来自包元数据和源码检查的客观信号。这些信息用于辅助判断，不代表绝对安全保证。

依赖数量

package.json 声明了 0 个运行依赖、0 个开发依赖、1 个 Peer 依赖和 0 个可选依赖。

信息

已声明 DSH Bundle

package.json 中声明了 DSH Bundle 元数据。

信息

已声明许可证

GitHub 报告该仓库许可证为 MIT。

信息

已获取 package.json

已获取仓库根目录 package.json，可用于 Registry 元数据检查。

信息

源码可用

本次 Registry 快照已获取公开 GitHub 源码元数据。

信息

来源与 Registry 记录

展示此条目的公开来源、Registry 分类与最近一次源码检查信息，并与运行验证结果明确分开。

源码仓库: moonbowterfly/dsh-bio-gem
Registry 来源: GitHub · dsh-plugin topic
Registry 分类: Plugin
源码检查: d4d6a24 · 2026-11-13

本页面基于公开源码信息独立收录。DSH Plugin 与 DeepSeek 及插件作者均无隶属关系；安装前请始终以作者仓库中的最新说明为准。

仓库活跃度

GitHub Stars: 0GitHub stars
Fork 数: 0
未关闭 Issue: 0
最近提交: 2026-10-11
最近发布: 2026-10-23