DeepSeek Harness 插件Manifest 有效

dsh-pubmed

用于 DeepSeek Harness 的 PubMed / Europe PMC 文献检索、引用格式化及个人知识图谱插件。

UI 与效率开发者工具

2GitHub Stars0Fork 数更新于2026-09-18

源码

安装

$ dsh plugin --profile web add dsh-pubmed@latest

插件能力与用途

基于公开仓库快照由 AI 辅助整理，内容必须有源码依据；它不等同于兼容性验证或安全验证。

源码有据

dsh-pubmed 是一款面向 DeepSeek Harness 的原生文献研究插件，提供 20 个生物医学工具。该插件直接对接 NCBI E-utilities、Europe PMC REST 和 PubTator3，支持文献检索、结构化元数据获取、全文提取、多种学术引用格式化、MeSH 词表查询和 ID 互转。此外，还内置了会话/用户双层文献知识图谱引擎，支持 PubTator3 权威概念标注及 Mermaid 可视化导出。

核心能力

支持 PubMed 及 Europe PMC 全文与高级布尔检索、字段与日期筛选及游标分页
结构化文章元数据提取、PMC 全文（JATS 格式）解析以及 PMID/PMCID/DOI 标识符互转
多格式学术引用生成（APA 7、MLA 9、BibTeX、RIS、Vancouver）
PubTator3 生物概念实体标注、权威概念 ID 检索及已验证关系挖掘
双层文献知识图谱（会话级临时图谱与用户级持久化图谱）及多轮增量合并
Mermaid 格式图谱卡片导出（NPG 配色方案）
MeSH 词表查询、部分引文反查 PMID（ECitMatch）与拼写纠错（ESpell）
内置全局请求限流队列，支持可选 NCBI API Key 提速

适用场景

在 DeepSeek Harness 会话中进行生物医药文献检索与综述编写
跨多次检索自动累积并构建个性化文献知识图谱
学术论文写作中的参考文献格式化与 DOI/PMID 快速互转
基于 PubTator3 挖掘基因、疾病、化合物之间的相互作用与调控关系

适合谁

生物医药与生命科学领域科研人员
生物信息学与计算生物学研究者
撰写学术论文与梳理文献的医学生与学者
在 DeepSeek Harness 中构建科研 Agent 工作流的开发者

文档中可确认的限制

需要出网访问 NCBI (eutils.ncbi.nlm.nih.gov) 与 Europe PMC 等外部接口
受 NCBI 接口限流（默认 3 次/秒，配置 API Key 为 10 次/秒）及 PubTator3 限流（3 次/秒）约束
PMC 全文解析为尽力而为（best-effort），受限于开放获取（Open Access）范围及 XML 解析完整度

DSH 兼容性

DSH Plugin 针对具体版本记录的运行验证证据。没有结果只代表我们尚未测试，不代表不兼容。

尚未测试目前还没有发布运行兼容性测试结果。

安全信号

来自包元数据和源码检查的客观信号。这些信息用于辅助判断，不代表绝对安全保证。

目前还没有发布自动安全检查信号。

来源与 Registry 记录

展示此条目的公开来源、Registry 分类与最近一次源码检查信息，并与运行验证结果明确分开。

源码仓库: aiyacharley/dsh-pubmed
Registry 来源: GitHub · dsh-plugin topic
Registry 分类: Plugin
源码检查: a50e943 · 2026-09-21

本页面基于公开源码信息独立收录。DSH Plugin 与 DeepSeek 及插件作者均无隶属关系；安装前请始终以作者仓库中的最新说明为准。

仓库活跃度

GitHub Stars: 2GitHub stars
Fork 数: 0
未关闭 Issue: 0
最近提交: 2026-09-18
最近发布: 2026-09-18